Η Μονή Κρουσταλλένιας χαρακτηρίζεται ως μία από τις ιστορικότερες Μονές στην Κρήτη. Είναι χτισμένη πάνω σε ένα κατάφυτο λόφο με πρίνους και ασφένδαμους στην ανατολική πλευρά του Οροπεδίου Λασιθίου, και βρίσκεται σε κοντινή απόσταση από τον Τζερμιάδο και τα χωριά Άγιος Κωνσταντίνος και Μαρμακέτο.
Η ιστορία της Μονής συνδέεται στενά με την ιστορία του οροπεδίου του Λασιθίου. Στα χρόνια μάλιστα της Ενετοκρατίας και της Τουρκοκρατίας οι ηγούμενοι της Μονής βοήθησαν πολλές φορές τους επαναστάτες κρητικούς στον αγώνα κατά των κατακτητών. Αυτός ήταν και ο βασικός λόγος που πολλές φορές οι μοναχοί της διώχθηκαν ή φυλακίστηκαν, ενώ η ίδια η Μονή καταστράφηκε παραπάνω από μία φορές.
Κατά τα πρώτα χρόνια της Ενετοκρατίας, το οροπέδιο και η Μονή Κρουσταλλένιας υπήρξαν χώροι συγκέντρωσης κρητικών επαναστατών. Λόγω της επαναστατικής αυτής δράσης, οι Ενετοί αποφάσισαν το 1293 να ερημώσουν το οροπέδιο και μαζί με αυτό και την Μονή.
Ύστερα από δυόμιση περίπου αιώνες, το οροπέδιο άρχισε σιγά σιγά να ξανακατοικείται ενώ το έτος 1543, η ηγουμένη Παλλαντία Ντανασή, από τη Μονή της Παναγίας του Σπηλαίου στα Καλάβρυτα, κατέβηκε στην Κρήτη και επανίδρυσε τη Μονή Κρουσταλλένιας.
Κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας, η Μονή λεηλατήθηκε και καταστράφηκε ξανά αρκετές φορές, κάτι που οδήγησε στην αλλοίωση της παλιάς αρχιτεκτονικής της φυσιογνωμίας. Δεν παύει όμως να θεωρείται σήμερα ως ένα από τα πιο αξιόλογα μνημεία της περιοχής.